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黄芩根腐病主要危害根部。发病初期部分支根和须根变褐腐烂，以后逐渐蔓延至整个根部，腐烂，全株死亡。该病是一种真菌性病害，病原菌为半知菌亚门腐皮镰孢霉菌，是一种土壤习居菌，以菌丝体、厚垣孢子、菌核在土壤中依附于病残组织越冬，在条件适宜时产生分生孢子或游动孢子进行繁殖，侵入寄主伤口形成初次侵染，通过水流或土壤进行扩散传播，造成再次侵染。天气时晴时雨、高温高湿、植株生长不良、地下害虫活动频繁、土壤黏重、排水不良、施用未腐熟厩肥，均可加重此病发生。
黄芩白粉病主要危害叶片和果荚，叶的两面生白色状斑，好像撒上一层白粉一样，病斑汇合而布满整个叶片，最后病斑上散生黑色小粒点，田间湿度大时易发病，导致提早干枯或结实不良甚至不结实。该病病原为蓼白粉菌，病菌以菌丝体及闭囊壳在黄芩病残体上越冬，成为次年的初侵染源。5月下旬环境条件适宜时，越冬菌丝上产生分生孢子和闭囊壳内释放子囊孢子随着气流、雨水等传播侵染黄芩，引起发病。其后又产生分生孢子进行多次侵染，9月下旬产生闭囊壳随病残体越冬。
黄芩野生于山顶、山坡、林缘、路旁等向阳较干燥的地方，喜温暖，耐严寒，成年植株地下部分在-35℃低温下仍能安全越冬，35℃高温不致枯死，但不能经受40℃以上连续高温天气。耐旱怕涝，地内积水或雨水过多，生长不良，重者烂根死亡。
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黄芩叶枯病主要危害叶片。症状是从叶尖或叶缘向内延伸呈不规则的黑褐色病斑，迅速自上而下蔓延，致使叶片枯死。病原是真菌中的一种半知菌。此菌在病叶上越冬，翌年在温度适宜时，病菌的孢子借风、雨传播到寄主植物上发生侵染，植株下部叶片发病重。高温多雨季节发病重，植株生长势弱的发病较严重。
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